Meski demikian, pembangunan JIS bukan tanpa hambatan. Proyek ini sejak bertahun-tahun lalu terganjal masalah perencanaan hingga lahan. Tak hanya itu, anggaran pembangunan stadion senilai Rp 4,4 triliun ini juga sempat dipermasalahkan karena menggunana dana Pemulihan Ekonomi Nasional (PEN).